Kolín patří mezi deset nejvyužívanějších nádraží na síti Správy železnic. Probíhající práce mají za cíl zajistit pohodlný a bezbariérový pohyb cestujících po celé stanici. Ten umožní celkem pět výtahů, kterými se dostanou na jednotlivá nástupiště. Významnou součástí projektu je výstavba nového, 100 metrů dlouhého podchodu. Povede pod celým kolejištěm a propojí nádraží se Starokolínskou ulicí.
V současné době jsou dokončené přeložky kabelů a rekonstrukce čtvrtého i pátého nástupiště. Aktuálně dělníci pracují na třetím nástupišti, kde budují zastřešení, osvětlení a také dlažbu.
Nový podchod bude hotový v polovině příštího roku. Současně s tím se začne používat jednodušší systém číslování kolejí, který cestujícím usnadní orientaci zejména při přestupech. V příštím roce se práce přesunou na druhé, a nakonec na první nástupiště.
Modernizace stanice je koordinována s dalšími investicemi města Kolína, zejména s rekonstrukcí Starokolínské ulice a výstavbou parkovacího domu. Ze strany Správy železnic ve Starokolínské ulici dojde k rekonstrukci železničního přejezdu a výstavbě nového přechodu pro chodce. Tyto úpravy umožní bezpečné propojení nádraží s parkovacím domem.
Velkou výzvu pro stavbu znamenala povodeň v roce 2024. Už vykopanou jámu kabelovodu zaplavila voda a v místě se objevily tekuté písky. Původní projekt s nimi nepočítal a oproti němu byly v místě také odlišné geologické poměry. Jámu tak bylo nutné zajistit a vybudovat znovu. Celou stavbu to o několik měsíců zdrželo a prodražilo.
Do budoucna se počítá také se zlepšením přístupu k nádraží z druhého břehu Labe po novém pěším a cyklistickém propojení.
Zajištění bezbariérového přístupu na nástupiště v Kolíně je částečně financováno z úvěru Evropské investiční banky v rámci projektu Czech Railway Infrastructure Rehabilitation.