Ministr dopravy ČR
Samostatné oddělení bezpečnostní
Odbor interního auditu a kontroly
Odbor zahraničních vztahů a EU
Odbor Kabinet ministra
Sekce legislativní a právní
Odbor ICT
Odbor legislativy
Odbor právní
Sekce drážní, vodní a letecké dopravy
Odbor drážní dopravy
Odbor civilního letectví
Odbor vodní dopravy
Samostatné oddělení nových technologií a inovací v dopravě
Sekce silniční a veřejné dopravy a správních agend
Odbor silniční dopravy a technické způsobilosti vozidel
Odbor řidičů a evidence vozidel
samostatné oddělení BESIP
Odbor veřejné dopravy
Sekce ekonomická a infrastrukturní
Odbor financí a ekonomiky
Odbor fondů EU
Odbor strategie
Odbor infrastruktury
Samostatné oddělení zpoplatnění pozemních komunkací
Samostatné oddělení PPP projektů
Sekce státního tajemníka
Odbor personální
Kancelář státního tajemníka
Samostatné oddělení spisové a archivní služby
Samostatné oddělení vnitřní správy
Náměstek ministra dopravy