Akce jsou konzultovány s jednotlivými investory, kteří mají přípravu ve své kompetenci a detailně znají technické vlastnosti jednotlivých staveb a stejně tak i vliv na území, ve kterém jsou navrhovány. V rámci stanovených pravidel má ministerstvo zaveden vnitřní nezávislý institut s rozhodovacími pravomocemi, který záměry projektů a studie proveditelnosti schvaluje k další projektové přípravě. Stavební parametry a detaily projektů se mohou přirozeně v čase měnit v souvislosti s tím, jaké okolnosti a požadavky vyplývají z území, ve kterém má být projekt realizován, a to postupně v rámci jednotlivých zpracovávaných stupňů dokumentací či povolovacích procesů.
Kontroloři dále uvádějí, že MD při rozdělování peněz nepostupovalo podle schváleného harmonogramu, který počítal s přidělováním peněz nejdůležitějším projektům s největšími přínosy. Zde předpokládáme, pokud jde o koncepční uchopení projektů rekreační plavby, že bude tato problematika zpřesněna v rámci nyní připravovaného dokumentu „Dopravní sektorová strategie, 3. fáze“, kde se budou jmenovitě řešit pouze projekty velkého rozsahu, zatímco projekty menšího investičního rozsahu se budou řešit v rámci finančních balíčků, na které budou v jednotlivých časových horizontech vyčleněny dle jejich dostupnosti příslušné finanční prostředky.
K tvrzení NKÚ, že MD nevyhodnocovalo skutečné přínosy projektů, konstatujeme, že hodnocení přínosů projektů je definováno rezortními pokyny a metodikami, tyto principy hodnocení nebyly NKÚ rozporovány. Skutečné přínosy jsou hodnoceny tzv. ex-post analýzou. U projektů infrastruktury vodních cest bylo toto hodnocení provedeno u jedné akce v roce 2017, další vhodné akce pro tento typ hodnocení prozatím nebyly stanoveny.
V souvislosti s projektem dokončení vltavské vodní cesty mezi Hněvkovicemi a Týnem nad Vltavou NKÚ poznamenává, že přínosy tohoto projektu jsou sníženy tím, že MD projekty schvaluje jednotlivě, ne v rámci ucelených dopravních řešení. Ovšem je logické, že jednotlivé projekty se musí řešit v rámci přípravy samostatně, i když jejich přínosy budou zesíleny při dokončení celého klastru vzájemně souvisejících projektů, byť v případě rekreační plavby tato teze platí v porovnání s projekty nákladní dopravy omezeně. Současně platí, že ačkoliv schvalování projektů mnohdy neprobíhá uceleně, tak v daném případě je ekonomická efektivnost sledována koncepčně a jako ucelené dopravní řešení, a to dokonce v několika variantách. K tomuto účelu byl zpracován komplexní materiál „Hodnocení ekonomické efektivnosti rekreační plavby na labsko-vltavské vodní cestě“.